Roma, 12 ottobre 2026 (Agenbio) – La piramidina-nuclesoide fosforilasi, un enzima coinvolto nella produzione di blocchi costitutivi degli acidi nucleici, assume diverse conformazioni che influenzano il modo in cui interagisce con le molecole. I ricercatori dello Shibaura Institute of Technology, in Giappone, hanno utilizzato simulazioni di dinamica molecolare per dimostrare che le conformazioni chiuse trattengono i ligandi più saldamente di quelle aperte e che la preferenza per gli zuccheri varia a seconda del composto e della conformazione. I ricercatori hanno prima esaminato come la tasca attiva dell’enzima cambi man mano che la proteina si sposta tra diverse conformazioni. Hanno scoperto che la tasca si è espansa di circa 1,4 volte tra gli stati più chiusi e quelli più aperti.
Le simulazioni hanno poi rivelato una relazione tra la forma dell’enzima e la ritenzione dei ligandi. Nelle simulazioni, il 75,6 per cento delle traiettorie nel gruppo chiuso ha mantenuto i ligandi in uno stato legato, rispetto al 55,1 per cento nel gruppo aperto, indicando che la forma enzimatica influenza la ritenzione dei ligandi.
I ricercatori hanno inoltre scoperto che i composti contenenti ribosio e 2′-desossiribosio non mostravano una preferenza universale. Invece, la preferenza per lo zucchero dipendeva sia dal singolo composto sia dalla conformazione dell’enzima. I risultati mostrano che diverse conformazioni possono cambiare il modo in cui i composti vengono trattenuti e come emergono le preferenze legate allo zucchero. Lo studio indica calcoli ed esperimenti futuri per determinare come queste interazioni si relazionano ai passaggi chimici. (Agenbio) Etr 12:00
